今秀山县境，商周时期属巴国地，春秋时期属于巴国南疆之域。乾隆元年（1736年）割酉阳东南境石堤、宋农、晚森等土司据地，始置秀山县（县治今三合场乡），初隶黔彭厅，寻废厅改隶四川省川东道酉阳直隶州，并于石堤设立巡检署，结束了秀山地区的土司建制。

    民国初，秀山县隶属川东道，民国2年（1913年），改石堤巡检署为分县。民国23年，于县境所建黔东苏区辖县境内清溪、龙凤、高秀、峻岭、钟灵、兰桥、九江、梅江、兴隆、雅江、平马、大板、永兴、里仁、保安、地坝（今莲花一带）、膏田、石堤等乡。同时，建立了枷档河（今属塘坳乡）、坝芒（今属峻岭乡）、巴盘（今属三合场乡）三个乡苏维埃政权。民国24年，秀山县隶属于第八行政督察区。民国28年，川康建设期成会提出以川、黔、湘、鄂4省边区48个县设置“青江省”，以秀山县城为省会的方案，并完成了法定审批手续，且已实施了建省的第一步工作，派驻了军队，修建了飞机场，后因解放战争而停止。民国38年4月，四川省第八行政督察区保安司令密电通知，为对付中国人民解放军进军四川和西南，以秀山、酉阳、黔江、彭水4县，建立川、湘、鄂边区绥靖公署。

    1949年11月7日，秀山解放。11月20日，建立了秀山县人民政府，隶西南区川东行政公署区涪陵专员公署。1950年1月23日，涪陵专区所辖之秀山、酉阳、黔江3县别置“川东酉阳区行政督察专员公署”，署治酉阳县城。秀山县随隶酉阳专署。1952年9月5日，撤销酉阳区行政督察专员公署，复并入涪陵区行政督察专员公署。秀山县亦改隶之。1983年4月4日，建立“秀山土家族苗族自治县”，原行政区域未变，自治县人民政府驻中和镇，仍隶属涪陵地区专员公署。

    1988年5月，经国务院批准，置黔江地区，秀山土家族苗族自治县改隶黔江地区。1997年3月，秀山土家族苗族自治县随黔江地区改隶重庆市。2001年，撤黔江开发区后，秀山土家族苗族自治县隶属重庆市直管。